Глютен не приносит существенного вреда здоровью, а богатые им продукты могут стать основой правильного и полезного питания. Цельные зерна, содержащие глютен, такие как ячмень и рожь, обеспечивают организм полезной клетчаткой, витаминами и микроэлементами. Олигосахариды, содержащиеся в пшеничных отрубях вместе с глютеном, подкармливают «хорошие» бактерии в кишечнике, помогая тем самым поддерживать здоровый микробиом и снижая риск получить некоторые болезни пищеварительной системы, включая колоректальный рак. Безглютеновая диета изменяет состав микрофлоры кишечника, уменьшая количество полезных бактерий и увеличивая количество болезнетворных, так как глютен и продукты его распада играют важную роль в питании некоторых полезных бактерий. При полном отказе от продуктов, содержащих глютен, возможно развитие дефицита витаминов (в первую очередь группы В) и микроэлементов (цинк, марганец и другие).